2008年两岸清明包机于2日上午拉开序幕。据中国民用航空局介绍，两岸共11家航空公司将在清明节前后执飞21个往返航班。

根据安排，参加此次两岸清明包机的航空公司包括大陆方面的国际航空、东方航空、上海航空、南方航空和厦门航空，以及台湾的“中华航空”、华信航空、长荣航空、立荣航空、复兴航空和远东航空。航点包括北京、上海、广州、厦门和台北、高雄6座城市。

从2日至8日，将共有21个包机航班往返两岸。其中，2日共有4个往返航班，分别是东方航空的MU5005/6航班（上海－台北－上海）、“中华航空”的CI17657/7972航班（台北－上海－高雄）、华信航空的AE7211/7202航班（高雄－上海－台北）、复兴航空的GE305/6航班（台北－厦门－台北）。

据东方航空公司介绍，东航2日的MU5005航班上座率超过90%，146位乘客中大部分为回岛内祭扫的台胞。2日10时52分飞抵上海浦东机场的华航CI17957航班，上座率则为100%。不少台胞表示，两岸包机为台胞回台祭祖提供了莫大方便，希望两岸包机能尽快实现常态化。

2008年两岸清明包机是继2007年之后两岸第二次实施清明包机。据统计，2007年两岸清明包机共载客近7000人次。